1.超聲波裂解器切記空載（一定要將超聲變幅桿插入液體樣品后才能開機）。
2.超聲波裂解器變幅桿（超聲探頭）入液體深度：1.5Cm 左右，探頭要居中，不要貼壁。超聲波是垂直縱波，插入太深不容易形成對流，影響破碎效率。
3.超聲波裂解器超聲參數設置：設置好儀器工作參數（具體設置見說明書），對于對溫度要求比較敏感的樣品（比如細菌）一般外面采用冰浴，或者外接循環冷卻水，當實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不會變性。
1）時間：超聲時間每次不要超過5秒，間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲時間短，超聲次數多原則，可延長超聲機子以及探頭的壽命。
2）超聲波裂解器超聲功率：不宜太大，以免樣品飛濺或起泡沫，如小于10ml樣品容量，功率應在200w以內，選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應檔；10-200ml樣品容量的功率在200——400w，選用6mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應檔；200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間，選用10mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應檔（2MM的小探頭功率嚴禁超過350W）。
3）超聲波裂解器容器選擇：有多少的樣品就選多大的燒杯，這樣也是有利樣品在超聲中對流，提高破碎效率。例如：20ML的處理量用20ML的燒杯。100ml大腸桿菌樣品設置參數：超聲5秒／間隙5秒次數70次（總時間為10分鐘），功率300W（僅供參考）。500ML左右的量，功率開到500W-800W左右。
4.超聲波裂解器若樣品放在1.5ml的EP管里請一定要將EP管固定好，以以防冰浴融化后液面下降導致空載。
5.超聲波裂解器日常保養：用完后用酒精擦洗探頭或用清水進行超聲。